Selama Perang Dunia I, Fahreddin Pasha pindah ke Madinah di Hejaz pada 23 Mei 1916. Ia pindah untuk mempertahankan kota Madinah. Dia kemudian ditunjuk sebagai komandan pasukan ekspedisi Hejaz pada 17 Juli 1916.
Pasha tidak hanya harus membela Madinah. Namun juga melindungi jalur-tunggal yang sempit dari Jalur Kereta Api Hejaz dari serangan sabotase oleh T.E Lawrence dan pasukan Sharif. Yang mana, seluruh logistiknya bergantung pada jalur tersebut. Penempatan pasukan Ottoman (Ustmani) dari stasiun kereta kecil yang terisolasi itu bertahan dalam serangan malam yang terus-menerus. Mereka mengamankan jalur itu melawan peningkatan jumlah sabotase (sekitar 130 serangan besar pada 1917 dan ratusan pada 1918, termasuk peledakkan lebih dari 300 bom pada 30 April 1918).
Dengan pengunduran diri Kekaisaran Ottoman dari perang dengan Gencatan Senjata antara Kekaisaran Ottoman dan Entente pada 30 Oktober 1918, Fahreddin diperkirakan akan menyerah. Namun, dia menolak melakukannya dan menolak menerima gencatan senjata.
Pada suatu hari pada Jumat di musim semi 1918, setelah shalat di Masjid Nabawi, Pasha menaiki tangga mimbar dan berhenti di tengah jalan. Ia lantas mengarahkan mukanya ke makam Nabi dan berkata dengan suara keras dan jelas.
"Nabi Allah! Saya tidak akan pernah meninggalkanmu!"
Fahreddin kemudian berbicara kepada orang-orang, "Prajurit! Saya menghimbau Anda atas nama Nabi, saksiku. Saya perintahkan Anda untuk membelanya dan kotanya hingga peluru terakhir dan napas terakhir, terlepas dari kekuatan musuh. Semoga Allah membantu kita, dan semoga ruh semangat Muhammad menyertai kita."
"Petugas tentara Ottoman yang gagah berani! Wahai Muhammad kecil, maju dan berjanjilah, dihadapan Tuhan dan Nabi kita, untuk menghormati keimananmu dengan pengorbanan tertinggi dalam hidupmu."
Fahreddin mengatakan, bahwa ia memiliki sebuah visi dalam sebuah mimpi bahwa Nabi Muhammad telah memerintahkannya untuk tidak tunduk. Pada Agustus 1918, dia menerima sebuah panggilan untuk menyerah dari Sharif Husain dari Makkah. Fahreddin Pasha membalasnya dengan kata-kata ini.
"Fakhr-ud-Din, Jenderal, Pembela Kota Paling Suci Madinah. Hamba Nabi."
"Atas nama Allah, Yang Maha Kuasa. Bagi dia yang melanggar kekuatan Islam, menyebabkan pertumpahan darah di kalangan umat Islam, membahayakan kekhalifahan Komandan Setia, dan menghadapkannya pada dominasi Inggris."
"Pada Kamis malam tanggal 14 DhulHijjah, saya berjalan dan lelah, memikirkan perlindungan dan pertahanan Madinah, ketika saya menemukan diri saya di antara orang-orang tak dikenal yang bekerja di sebuah lapangan kecil. Lalu aku melihat berdiri di depanku seorang pria dengan wajah luhur. Dia adalah Nabi, semoga berkah Allah besertanya! Lengan kirinya menempel di pinggangnya di bawah jubahnya, dan dia berkata kepadaku dengan cara yang protektif, 'Ikutilah aku'. Aku mengikutinya dua atau tiga langkah dan terbangun. Saya langsung melanjutkan ke masjid sucinya dan bersujud dalam do'a dan bersyukur (dekat makamnya).
"Saya sekarang berada di bawah perlindungan Nabi, Panglima Tertinggi saya. Saya menyibukkan diri dengan memperkuat pertahanan, membangun jalan dan lapangan di Madinah. Menghambat saya tidak dengan tawaran yang tidak berguna."
Fahreddin menolak menyerahkan pedangnya. Bahkan, setelah menerima perintah langsung dari menteri perang Ottoman. Pemerintah Ottoman marah atas sikapnya dan Sultan Mehmed VI memecatnya dari jabatannya. Namun, Fahreddin lagi-lagi menolak untuk melakukannya dan menyimpan bendera Sultan Ottoman yang tinggi di Madinah sampai 72 hari setelah berakhirnya perang. Setalah Gencatan Senjata Moudros, unit Ottoman terdekat berada pada jarak 1.300 km dari Madinah.
Fahreddin ditangkap oleh orang-orangnya sendiri dan dibawa ke Abdullah pada 9 Januari 1919 di Bir Darwish. Abdullah memasuki Madinah tak lama setelah penyerahan diri Fahreddin, diikuti oleh Ali yang memasuki kota pada 2 Februari 1919. Meski akhirnya menyerah, namun Fahreddin Pasha tetap dikenal sebagai sebagai Komandan Tentara Ottoman dan gubernur Madinah dari 1916 hingga 1919. Dia dijuluki 'Singa Gurun' dan 'Harimau Gurun' oleh Inggris karena patriotismenya dalam melindungi Madinah. (republika)